Rukia é a irmã mais nova de Kuchiki Hisana, que a abandonou ainda bebê em Rukongai #78 - Inuzuri, por não ter como sustentá-la. Rukia cresceu sozinha, mas ainda criança fez amizade com Renji e se juntou ao grupo dele. Rukia, desde criança já apresentava um poder espiritual acima das outras almas de Rukongai. A vida não era fácil, e passado-se 10 anos desde que Rukia e Renji haviam se juntado aos outros, todos os amigos deles morreram. Então Rukia sugeriu que ambos se tornassem Shinigamis.

Entraram na "Academia de Aperfeiçoamento da Alma", a academia para formar Shinigamis, onde fizeram vários amigos. Os dois continuaram como amigos, até o dia em que Kuchiki Byakuya, o líder do maior clã da Soul Society, a encontrou sem demora a adotou, como sua irmã mais nova, o que faria com que ela entrasse automaticamente para um dos 13 bantais do Gotei 13. Com um certo receio, Rukia decide entrar, assim se distanciando de Renji. A partir de então, Renji e Rukia se distanciaram.

Com medo de deixar que Rukia corresse altos riscos de vida, Byakuya chegoua a se encontrar com outros capitães a fim de pedir para que os mesmos não dessem nenhuma posto alto para Rukia, pelo fato de quanto maior for o posto de um Shinigami, abre-se uma porta para uma infinidade de perigos. Ao entrar no 13º esquadrão conheceu o vice-capitão, Shiba Kaien. Ele era desleixado, adorava falar alto, brigar com os outros, mas com um bom coração. Rukia admirava Shiba Kaien por ele não tratar de forma diferente cada pessoa, por ele não dar nenhum tipo de tratamento diferente por ela ser uma nobre. Ela tomou como exemplo a mulher no 3º comando de sua divisão, a mulher de Kaien, Miyako, ela era forte, educada e doce. Em uma noite, surgiu um Hollow que conseguiu vencer Miyako pode tomar o seu corpo para si. Kaien, dominado pela fúria de perder sua esposa imediatamente foi atrás de uma vingança, matar o Hollow que assassinou sua mulher. Querendo fazer as coisas tudo sozinho, Kaien atacou o Hollow sem antes estar preparado plenamente para isso. Atacando sem estudar seu oponente, e verificar quais eram suas habilidades, perdeu sua Zanpakutou na mais pura arrogância. O resultado foi o mesmo que aconteceu com sua mulher, perdeu seu corpo para o mísero Hollow. Ridiculamente dominado, passa a atacar Rukia e Ukitake. Não tendo o que fazer para salvá-lo, Rukia não teve outra saída além que matá-lo, perfurando completamente o seu peito com sua Zanpakutou. O que a deixou arrasada, o que a deixou com sua consciência pesada e um grande sentimento e remorso. Com Kaien morto, e arrastando o mesmo pela gola da Shihakusho, Rukia leva o corpo do morto até os sua decaída família da Soul Society. Os irmãos do então morto Shiba Kaien começama a ter ódio de Rukia e a repudiar Shinigamis. Passado-se vários anos desde que Rukia matou Shiba kaien, após ser salva de sua falsa sentença de morte na Seireitei, Rukia decide ir até onde residem os falidos Shiba para pedir suas sinceras desculpas pelo que fez, dizendo que nunca tinha tido coragem de ir até lá para fazê-lo. Kuukaku, em sua arrogância não deixa Rukia terminar de pedir perdão e a interrompe, dizendo que Ukitake já havia dito o que aconteceu.