Embora famoso, o anime de Pokémon era e ainda é muito criticado. Um revés que chamou a atenção do mundo antes mesmo do anime ser exibido fora do Japão foi um acidente envolvendo o episódio 38, Porygon, o guerreiro virtual, quando Pikachu libera um choque elétrico para destruir mísseis usados pela equipe Rocket. O efeito da frequência de flashes luminosos da animação original desencadeou reações em telespectadores epilépticos. Foram cerca de 700 casos documentados após a exibição do programa. Desde então, os efeitos foram trabalhados para evitar problemas em pessoas sensíveis, o episódio foi banido e a produção da série ficou parada por um ano antes de ela ser lançada fora do Japão. Além desse episódio, o desenho foi banido na Turquia, após duas crianças, uma de sete anos e outra de quatro, saltarem da sacada de seus apartamentos em imitação aos personagens do desenho e também na Arábia Saudita, pois o governo alegou que ele estimulava a competição entre as crianças.

O anime conta a história de Ash Ketchum, uma criança que desde que completou dez anos, idade com a qual pode receber uma licença de treinador de pokémons, viaja através de diferentes regiões capiturando novos pokémons e treinando-os para se tornar "o maior mestre pokémon". Em cada região participa da respectiva liga pokémon, na qual deve derrotar em batalhas um determinado número de líderes de "ginásio pokémon" de diferentes cidades para poder competir no campeonato regional.

Desde que iniciou sua jornada, viaja sempre acomanhado de seu primeiro pokémon, Pikachu, e de diferentes crianças se juntam a ele ao longo do caminho.